Il formaggio è un altro elemento importante della gastronomia istriana, con diverse varietà tradizionali prodotte nella regione. Il formaggio istriano è spesso prodotto con latte di pecora o di capra, che gli conferisce un profilo aromatico particolare, influenzato dai pascoli locali e dal clima. Uno dei più conosciuti è il formaggio duro istriano, solitamente prodotto con latte di pecora. È noto per il suo sapore ricco e nocciolato e per la sua consistenza compatta, che lo rende un accompagnamento perfetto per il prosciutto e per una selezione di vini locali.

Un altro formaggio conosciuto è la Skuta, un formaggio fresco simile alla ricotta, prodotto dal siero rimasto dopo la lavorazione di altri formaggi. La Skuta è cremosa e leggermente acidula, e viene spesso utilizzata sia in piatti dolci sia salati. Può essere gustata da sola, con un filo di miele o olio d’oliva, oppure aggiunta a prodotti da forno, pasta e dessert. La produzione casearia in Istria segue metodi tradizionali, con molti piccoli produttori che mantengono antiche tecniche per garantire la massima qualità e autenticità.